Jurusan Pendidikan Biologi bermula dari kursus B1 dan B2 Ilmu Pasti dan Alam yang diselenggarakan oleh Fakultas Ilmu Pasti dan Alam (FIPA) Universitas Gadjah Mada (UGM). Pada tanggal 1 Agustus 1960 dibuka Jurusan Pendidikan Ilmu Hayat Fakultas Pedagogi UGM yang selanjutnya pada tanggal 1 Januari 1962 masuk ke FKIP-B UGM. Mulai 21 Mei 1964 status FKIP-B UGM berubah menjadi FKIE IKIP Yogyakarta dan terlepas dari UGM dan selanjutnya menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA). Sementara itu  Jurusan Pendidikan Ilmu Hayat diubah namanya menjadi Jurusan Pendidikan Biologi. Program Studi yang yang dimiliki pada waktu itu hanya Program Studi Pendidikan Biologi yang sudah berdiri sejak tahun 1984.

 

Setelah IKIP Yogyakarta diubah menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), dengan adanya wider mandate, berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.240/DIKTI/Kep/1997 didirikan Program Studi Biologi yang bernaung di bawah Jurusan Pendidikan Biologi FMIPA UNY.

 

Jurusan Pendidikan Biologi FMIPA UNY memiliki dua prodi, yaitu Prodi Biologi dan Prodi Pendidikan Biologi, dan mempunyai laboratorium terpadu dalam satu bangunan 3 lantai yaitu: (1) Lab  Mikrobiologi, Bioteknologi, dan Riset; (2) Lab. Botani; (3) Lab Zoologi; (4) Lab Ekologi, Ilmu Lingkungan, Biologi Dasar, Animal House dan Green House; (5) Lab Workshop, Tenik Lab dan TIK; dan (6) Outdoor Lab. Masing- masing Laboratorium membawahi  berbagai kegiatan praktikum dan penelitian, baik penelitian dosen maupun penelitian mahasiswa. Laboratorium dilengkapi pula dengan ruang perpustakaan, ruang komputer dan internet, ruang wokshop media pembelajaran serta ruang untuk klinik microteaching. Laboratorium juga mempunyai kebun dan kolam percobaan, Green House serta Animal House yang dipergunakan untuk menunjang kegiatan praktikum, penelitian dan sebagai sarana untuk Income Generating.